Cinsiyet kimliği, biyolojik cinsiyetten farklı, benimsediğiniz, kendinizi özdeşleştirdiğiniz cinsiyet anlamına gelen kavramdır. Cinsel kimlikse; cinsiyet kimliğinin biyolojik cinsiyetle ilişkisi, cinsel yönelim, toplumsal cinsiyet rollerinin tümünün toplamıyla oluşur. Ve sosyal psikologlar tarafından bebekliğin 6. ayından itibaren ve 3 yaşına kadar cinsel kimliğin oluştuğu ve en geç 5 yaşında sabitlendiği söylenmektedir.
Bunun anlamı şudur: Korkutulmayan, yadırganmayacağını, karşılıksız sevildiğini bilen bir trans çocuk 5 yaşında bile "ben erkeğim" veya "ben kadınım" diyerek cinsiyet kimliğini ifade edebilir ve buna bağlı olarak trans olup olmadığı bilinebilir. Bu dönemde cinsiyet kimliğini ifade etmemiş olsa da ergenlikte durum belirginleşebilir.
Dünyada pek çok örneği olan bu durumda ergenliği geciktirici ve hormon seviyesini baskılayıcı ilaçlarla çocuğun istemediği bir cinsiyetin fiziksel görünümüne sahip olması önlenmekte böylece hem trans bireyin ergenlikle başlayan fiziksel değişimler sonucu mutsuz olması önlenmekte hem de biyolojik gelişim ameliyata elverene kadar fiziksel görüntü cinsiyetsiz bir noktada tutulabilmektedir.
